Mi próximo artículo científico en R

### Empezamos en 5 minutos
Tenes tiempo para irte a buscar el ☕ o preparar el agua para el 🧉

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### ¡Hola R-Ladies Jujuy!

![](https://media.giphy.com/media/3oge7Ve0gmIOhJkhOg/giphy.gif)

Felicitaciones por el primer meetup

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background-image: url(imagenes/jujuy-colores.jpg)
background-size: cover
class: bottom

.bg-washed-green.b--dark-green.ba.bw2.br3.shadow-5.ph4.mt5[
### Mi próximo artículo científico en R
### **Compendios de Investigación, Reproducibilidad e Interactividad en las publicaciones académicas**

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### Licencia

<a rel="license" href="http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/"><img alt="Licencia de Creative Commons" style="border-width:0" src="https://i.creativecommons.org/l/by/4.0/88x31.png" /></a><br />Este obra está bajo una <a rel="license" href="http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/">licencia de Creative Commons Reconocimiento 4.0 Internacional</a>

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.footnote[[Imagen: The Turing Way Community, & Scriberia (2020). ](http://doi.org/10.5281/zenodo.3695300)]
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## Desafío
#### Código y datos disponibles

.bg-washed-green.b--dark-green.ba.bw2.br3.shadow-5.ph4.mt5[
#### **Ciencia abierta** práctica de dejar "los resultados primarios de investigaciones financiados con fondos públicos, los artículos y los datos sean accesibles al público en formato digital sin restricciones o con una restricción mínima".]

.footnote[[The Turing Way Community (2019)](https://the-turing-way.netlify.app/reproducible-research/open/open-resources.html) / 
[OECD (2015)](https://www.fct.pt/dsi/docs/Making_Open_Science_a_Reality.pdf)]

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## Principios FAIR
#### Buenas prácticas para la gestión y administración de datos científicos

<img src="imagenes/FAIRPrinciples.jpg" width="700" style="display: block; margin: auto;" />
]
.pull-rigth[

**"Acceso tan abierto como sea posible, tan cerrado como sea necesario" (abierto por defecto)**

Se requiere claridad y transparencia en torno a las condiciones que rigen el acceso y la reutilización.

]

#### **F**indable | **A**ccesible | **I**nteroperable | **R**eusable

.footnote[
[Mons *et al.* (2017)](https://content.iospress.com/articles/information-services-and-use/isu824) / [Imagen: The Turing Way Community, & Scriberia. (2020). ](http://doi.org/10.5281/zenodo.3695300)
]

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.footnote[[Imagen: The Turing Way Community, & Scriberia (2020)]( http://doi.org/10.5281/zenodo.3695300)]

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## Datos
 Son hechos u observaciones que proporcionan **evidencia**. 
 
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## Software 
Es el resultado de un proceso creativo que **proporciona una herramienta** para hacer algo, por ejemplo, con datos.

> El software es ejecutable.

> El software a menudo se desarrolla usando otro software.

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# **{**Definición**}**
### Software para investigación

.bg-washed-green.b--dark-green.ba.bw2.br3.shadow-5.ph4.mt5[
#### Es que se utiliza para generar, procesar o analizar los resultados para una **publicación** (ya sea en una revista, resumen para congreso, monografía, libro o tesis)
#### Puede comprender desde unas **pocas líneas de código** (...), hasta un paquete de software desarrollado profesionalmente.]

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### Diez argumentos en contra de la **ciencia abierta...**

####1. ... `no` es siempre abierta.

####2. ...`históricamente ha carecido de diversidad` y exhibido una cultura no inclusiva.

####3. ...se basa en el `pensamiento occidental`.

####4. La política de `mi instituto` nunca me permitiría compartir mi trabajo abiertamente.

####5. Mi trabajo no es lo `suficientemente` bueno para compartir.

.footnote[[Ten arguments against Open Science that you can win - Malvika Sharan](https://www.software.ac.uk/blog/2020-12-17-ten-arguments-against-open-science-you-can-win)]

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### Diez argumentos en contra de la **ciencia abierta...**

####6. Le doy ventaja a mis `competidores`.

####7. Escribí este código `solo para mis datos`.

####8. `No puedo mantenerlo`, ¿por qué molestarme en compartirlo?

####9. ¿Qué pasa si la gente `juzga` mi código (...)?

####10. Mi trabajo `no será reconocido` y eso no va a ayudar a mi carrera.

###**... que puedes ganar:**

[**Ten arguments against Open Science that you can win** - Malvika Sharan](https://www.software.ac.uk/blog/2020-12-17-ten-arguments-against-open-science-you-can-win)

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.footnote[[Imagen: The Turing Way Community, & Scriberia (2020)]( https://zenodo.org/record/4323154)]

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## Los datos y el software se citan

**¿Sos autor/a de un artículo?**

* Incluí citas a datos y software en el manuscrito

* Publica tu propios datos y software y citalos también

<img src="imagenes/data_available.png" width="1061" style="display: block; margin: auto;" />
.footnote[Más formas de citar datos en [The Turing Way Community (2019) - Credit for reproducible research](https://the-turing-way.netlify.app/reproducible-research/credit.html?highlight=cite%20data)]

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<blockquote class="twitter-tweet" data-lang="es"><p lang="es" dir="ltr">"When authors say they will "make data available upon request"

'#OpenScienceGif </p>&mdash; Heidi Seibold (@HeidiBaya) <a href="https://twitter.com/HeidiBaya/status/1335897311931740163?s=20">7 December 2020</a></blockquote>

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## Los datos y el software se citan

**¿Generas datos y software?**

* Depositalo/s en un repositorio "estable" (ej. Zenodo, Figshare, etc)

* Obtené una URLs permanente al repositorio como un `Digital Object Identifier (DOI)`

* Incluí un ejemplo de cómo citarlo en el README o documentación

.footnote[[The Turing Way Community (2019)](https://the-turing-way.netlify.app/reproducible-research/credit.html?highlight=cite%20data) / [Zenodo - DOI versioning](https://help.zenodo.org/#versioning)]

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.footnote[[Imagen: The Turing Way Community, & Scriberia (2020)]( http://doi.org/10.5281/zenodo.3695300)]
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<img src="imagenes/zenodo_versioning.png" width="900" style="display: block; margin: auto;" />
.footnote[[Zenodo Blog - Zenodo now supports DOI versioning!](https://blog.zenodo.org/2017/05/30/doi-versioning-launched/)]

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class: inverse, middle, center

### Demo 1 
### Zenodo
#### [link](https://zenodo.org/deposit/new)

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### 👉 **Reproducibilidad**

### Compendio de investigación

### Interactividad

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class: center, middle

<div id="htmlwidget-6c978a7be01652ab86d6" style="width:720px;height:504px;" class="nomnoml html-widget"></div>
<script type="application/json" data-for="htmlwidget-6c978a7be01652ab86d6">{"x":{"code":"\n#fill: #FEFEFF\n#lineWidth: 1\n#zoom: 4\n#direction: right\n\n# direction: down | center \n#.resaltado: fill=#8f8 title=bold\n\n[Reproducibilidad] -> [Empírica]\n[Reproducibilidad] -> [<resaltado> Computacional]\n[Reproducibilidad] -> [Estadística]\n","svg":false},"evals":[],"jsHooks":[]}</script>

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### En mi computadora pude reproducir mis resultados ...
### ¿puedo considerar que mi trabajo es reproducible?

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## ¿Qué pasa de acá a 10 años?

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## ¿Es suficiente compartir el código y los datos para que otros puedan reproducir mis análisis?

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<blockquote class="twitter-tweet" data-lang="es"><p lang="es" dir="ltr">Te pasan un código, preparate para gastar de 3 a 4 horas resolviendo todos los bugs para que funcione. 😒 </p>&mdash; Roxana Villafañe (@data_datum) <a href="https://twitter.com/data_datum/status/1338926940443521031?s=19">15 de Diciembre 2020</a></blockquote>

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## Ejemplo

[`tidyr v1.0.0`](https://github.com/tidyverse/tidyr/releases) breaking changes

* Aparecen las funciones `pivot_*()` que reemplazan a `gather()` y `spread()`

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class: inverse, middle, center

### Demo 2
### Versiones
#### [link](https://github.com/tidyverse/tidyr)
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class: middle, center
## Reproducibilidad computacional
.bg-washed-green.b--dark-green.ba.bw2.br3.shadow-5.ph4.mt5[

#### Cuando se proporciona información detallada sobre software, hardware y detalles de implementación.

---
## Entorno computacional

Características de una computadora que pueden afectar el comportamiento del trabajo realizado en ella, como:

* su **sistema operativo**

* qué **software** tiene instalado

* las **versiones de paquetes** de software están instaladas

---
class: middle, center

<img src="imagenes/ErrorManagement.jpg" width="500" style="display: block; margin: auto;" />
[Imagen: The Turing Way Community, & Scriberia. (2020)]( http://doi.org/10.5281/zenodo.3695300)

.bg-washed-green.b--dark-green.ba.bw2.br3.shadow-5.ph4.mt5[

#### "El software (...) con frecuencia se desarrolla para permitir el uso de otro software, lo que genera dependencias complejas, y **estos paquetes de software dependientes cambian a su vez con frecuencia**"

---

## Hay varias formas de capturar entornos computacionales

* Sistemas de administración de paquetes (📦 `renv`)

* Binder

* Máquinas virtuales

* Contenedores (ejemplo: [Docker](https://colinfay.me/docker-r-reproducibility/) 🐳 )

.footnote[[The Turing Way Community (2019)](https://www.turing.ac.uk/research/research-projects/turing-way-handbook-reproducible-data-science)]
---

# Paquete `renv`

-  🏁 `renv::init()` Se crea una librería asociada al proyecto dentro de la carpeta `renv`.

-  📸 `renv::snapshot()` Genera el archivo `renv.lock` con información de las dependencias al momento de hacer la instantánea (snapshot).

-  🌱 `renv::restore()` reproduce el entorno!
--

.footnote[[* Lee más sobre `renv` aquí](https://environments.rstudio.com/snapshot.html#pre-requisite-steps)]

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class: inverse, middle, center

### Demo 3
### `renv`

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## Binder

[Post](https://florencia.netlify.app/es-es/2020/08/compartiendo-entornos-interactivos-y-reproducibles-en-r-con-binder.es-es/) sobre Binder en R-Ladies BA (incluye charla)

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### (Algunas) Herramientas

#### Control de versiones

* **GitHub/GitLab** 🤝 Fomenta las colaboraciones.

*  **git** 📜 Permite seguir la historia de tu proyecto.

.footnote[[The Turing Way Community, & Scriberia (2020)]( http://doi.org/10.5281/zenodo.3695300)]
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### (Algunas) Herramientas

* Usar guias de estilo (formatR / lintR / styleR)

#### Mejoras el flujo de trabajo ⚙️

* Paquete `here` (rutas relativas de archivos)

* Uso de proyectos

* Paquete `workflowr`

]
.pull-right[

![](imagenes/style.jpg)

]

.footnote[[Imagen: The Turing Way Community, & Scriberia. (2020)]( http://doi.org/10.5281/zenodo.3695300)]]
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### (Algunas) Herramientas

#### Programación literaria

Paquetes [`RMarkdown`](https://bookdown.org/yihui/rmarkdown/) ✍️  + [`rticles`](https://github.com/rstudio/rticles)

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### Demo 4
### `RMarkdown` + `rticles`

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.bg-washed-green.b--dark-green.ba.bw2.br3.shadow-5.ph4.mt5[
####"El hecho de que un análisis sea reproducible **no garantiza su calidad**, que este sea correcto o la validez de los resultados publicados"

]

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## ¿Un cambio cultural?

.pull-up[
<img src="imagenes/codecheck.png" width="400" style="display: block; margin: auto;" />
.footnote[[Codecheck](https://www.nature.com/articles/d41586-020-02462-7)]
 ]
 
.pull-down[
<img src="imagenes/codecheck2.png" width="700" style="display: block; margin: auto;" />

]

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class: middle, center

## ¿Un cambio cultural?

<blockquote class="twitter-tweet" data-lang="ens"><p lang="en" dir="ltr">The advert asks for: 
"A commitment to following the best [..] practices in science, such as [..] sharing of computer code and writing reproducible research reports, [..]sharing of data whenever feasible"

Have you come across job descriptions asking for such a commitment before?</p>&mdash; ReproHack(@ReproHack) <a href="https://twitter.com/ReproHack/status/1296061566484385792?s=20">19 August 2020</a></blockquote>

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## Reproducibilidad

.footnote[[Imagen: The Turing Way Community, & Scriberia. (2020)]( http://doi.org/10.5281/zenodo.3695300)]]

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class: inverse, middle, center
## ¿En qué estoy trabajando?

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## Postdoc

> #### Desarrollo de herramientas informáticas para evaluar el riesgo de las aplicaciones de plaguicidas para los ecosistemas acuáticos

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class: middle, center

> Mi trabajo implica usar **modelos** que simulan el destino ambiental de los **plaguicidas** luego de su aplicación.

> En particular, el modelo que uso permite estimar concentraciones de plaguicidas en **cuerpos de agua superficiales**

<img src="imagenes/lagunas.png" width="859" style="display: block; margin: auto;" />
.footnote[Imagenes tomadas por [Julie Brodeur](https://twitter.com/julbrodeur)]
---

## Mi flujo de trabajo

<div id="htmlwidget-55e50d55c18f6b266004" style="width:720px;height:504px;" class="nomnoml html-widget"></div>
<script type="application/json" data-for="htmlwidget-55e50d55c18f6b266004">{"x":{"code":"\n#fill: #FEFEFF\n#lineWidth: 1\n#zoom: 4\n#direction: right\n\n\n# direction: down | center \n#.rlang: fill=#8f8 visual=ellipse title=bold\n#.high: fill=#8f8 title=bold\n\n[base de datos clima] --> [Modelo PWC]\n[base de datos suelo] --> [Modelo PWC]\n[base de datos moléculas] --> [Modelo PWC]\n[Modelo PWC] -> [Resultados]\n[Resultados] - [<rlang> R]\n[<rlang> R] -> [<high>Gráficos]\n[<rlang> R] -> [<high>Tablas]\n[<rlang> R] -> [<high>Mapas]\n","svg":false},"evals":[],"jsHooks":[]}</script>

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## ¿Y ahora? Publicar

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### Reproducibilidad

### 👉 **Compendio de investigación**

### Interactividad

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## Compendio de investigación

* **Organizar los archivos** de acuerdo a una convención prevalente.

* Proveer **separación entre los datos, métodos y resultados** expresando sin ambiguedades la relación entre las tres.

* Especificar el entorno (+ **reproducibilidad**).

]

## Compendio de investigación

* **Convención**: Otra persona debería poder interpretar los nombres de los archivos y directorios.

* **Marwick *et al.* (2018)** proponen utilizar la estructura de un paquete de R

* **El compendio puede tener distinta complejidad**
]

.pull-right[
<img src="imagenes/small_rc.png" width="400" />
]
.footnote[[Marwick *et al.* (2018)](https://doi.org/10.1080/00031305.2017.1375986)]
---

## ¿Qué agrego en un compendio de investigación?

<div id="htmlwidget-24259e12a1ef63e14db3" style="width:720px;height:504px;" class="nomnoml html-widget"></div>
<script type="application/json" data-for="htmlwidget-24259e12a1ef63e14db3">{"x":{"code":"\n#fill: #FEFEFF\n#lineWidth: 1\n#zoom: 4\n#direction: right\n\n\n# direction: down | center \n#.rlang: fill=#8f8 visual=ellipse title=bold\n#.high: fill=#8f8 title=bold\n\n[base de datos clima] --> [Modelo PWC]\n[base de datos suelo] --> [Modelo PWC]\n[base de datos moléculas] --> [Modelo PWC]\n[Modelo PWC] -> [Resultados]\n[Resultados] - [<rlang> R]\n[<rlang> R] -> [Gráficos]\n[<rlang> R] -> [Tablas]\n[<rlang> R] -> [Mapas]\n[<rlang> R] -> [<high>Compendio de investigación]\n","svg":false},"evals":[],"jsHooks":[]}</script>

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## Paquete `rrtools` 
#### Compendios de investigación en R

.bg-washed-green.b--dark-green.ba.bw2.br3.shadow-5.ph4.mt5[
[`rrtools`](https://github.com/benmarwick/rrtools) proporciona instrucciones, plantillas y funciones para hacer un compendio básico adecuado para escribir **investigaciones reproducibles con R**.]

---

## Paquete 📦

La **unidad fundamental de código** que se puede compartir en R.

El paquete agrupa:
* código
* datos
* documentación 
* tests
y es fácil de compartir con otros.

---

## Armando el compendio

Algunas funciones. Recomiendo el [Tutorial de Anna Krystalli](https://annakrystalli.me/rrresearch/10_compendium.html)

```r
library(rrtools)
library(usethis)
# Inicia el compendio como un proyecto
rrtools::create_compendium("~/Documents/workflows/rrcompendium")
# Iniciar el control de versiones
usethis::use_git()
```
Editar el archivo DESCRIPTION

]
.panel[.panel-name[Licencia]
<img src="imagenes/usethis.png" width="100" />

```r
library(usethis)

# Hay una función por cada tipo de licencia

usethis::use_mit_license("Florencia D Andrea")
```
]
.panel[.panel-name[README]

```r
# Agrega el archivo README que se puede editar desde R

rrtools::use_readme_rmd()
```

]
.panel[.panel-name[Estructura]

```r
# Estructura de carpetas

rrtools::use_analysis()

# Agregar los paquetes al archivo DESCRIPTION

rrtools::add_dependencies_to_description()
```

]
.panel[.panel-name[Manuscrito]

✔️ Generar el manuscrito con código incluido en `RMarkdown`

✔️️ Usar la plantilla del journal con el paquete `rticles`

]

---

### ¿Cómo compartir un Compendio de investigación?

[*RStudio* en la v1.4 va a incluir forma facil una forma más facil de insertar citas](https://blog.rstudio.com/2020/11/09/rstudio-1-4-preview-citations/)

Se incluyen como un archivo **.bib**

]
.panel[.panel-name[Persistencia]

Asignarle una URLs permanente al repositorio como un `Digital Object Identifier (DOI)` <i class="ai  ai-doi "></i>

* osf.io <i class="ai  ai-osf "></i>
 
* figshare.com  <i class="ai  ai-figshare "></i>

* zenodo.org <i class="ai ai-zenodo ai-3x"></i>
]

]

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### Compendio de investigación

### Reproducibilidad computacional

### 👉 **Interactividad**

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## Comunicación de mis resultados

* Aplicación web (**shiny**)

* Gráficos interactivos (**plotly**)

* Papers interactivos y reproducibles (**artículo ejecutable**)

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## Shiny

[Ejemplo de shiny app parte de una publicación - Bernabeu et al (2017)](https://mybinder.org/v2/gh/pablobernabeu/Modality-switch-effects-emerge-early-and-increase-throughout-conceptual-processing/0a5542658914a6ed01cf8e96252c48bb5bcf8f18?urlpath=shiny/Shiny-app/)

Bernabeu, P (2017). Modality switch effects emerge early and increase throughout conceptual processing: Evidence from ERPs. Cognitive Science Society.

#### Ejemplos de Shiny apps publicadas en repositorios
EFSA. (2018, June 26). Shiny R tool for the automation of systematic reviews (Version v3). Zenodo. http://doi.org/10.5281/zenodo.1299654

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# ¿Dónde publicar Software?

* [¿Dónde publicar Shiny apps?](https://community.rstudio.com/t/can-i-publish-a-shiny-app-in-a-scientific-journal-how-where/6306/8) - Hilo en el foro de  RStudio Community

* [In which journals should I publish my software?](https://www.software.ac.uk/which-journals-should-i-publish-my-software) - Neil Chue Hong. Software Sustainability Institute blog.

[Imagen: The Turing Way Community, & Scriberia. (2020)]( http://doi.org/10.5281/zenodo.3695300)

---

## Journal of Open Source Software (JOSS)

<img src="imagenes/joss.png" width="500" />
.footnote[D’Andrea MF (2019). Journal of Open Source Software, 4(37), 785, https://doi.org/10.21105/joss.00785]

---

## Gráficos interactivos

> "Los artículos científicos son cada vez más difíciles de leer; si se usan adecuadamente, las **figuras interactivas** tienen el potencial de ayudar a contrarrestar esta tendencia. Son particularmente útiles para **comunicar** los hallazgos a políticos y al público en general" - [F1000 Research blog](https://blog.f1000.com/2017/07/19/so-long-static-we-now-support-interactive-ploty-figures-in-our-articles/)

[ELife Sciences / ejemplo Figura Interactiva](https://neurolibre.github.io/myelin-meta-analysis/01/selection.html#figure-1)

## Artículo reproducible

[ELife Sciences / ejemplo Artículo ejecutable](https://elifesciences.org/articles/30274/executable) - 
[stenci.la](https://stenci.la/)

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### Demo 5
### Artículo reproducible / Figuras Interactivas

---

### Comunidades

![](imagenes/comunidad.jpg)

.footnote[[Imagen: The Turing Way Community, & Scriberia. (2020)]( http://doi.org/10.5281/zenodo.3695300)]]
---
# ROpenSci

[Web](https://ropensci.org/)

[Twitter de ROpenSci](https://twitter.com/rOpenSci)

---

# The Turing Way

Libro de [The Turing Way](https://the-turing-way.netlify.app/welcome)

[Twitter de The Turing Way](https://twitter.com/turingway)

---

# ReproHack

[Twitter de ReproHack](https://twitter.com/ReproHack)

[Slack (grupo colaborativo)](https://reprohack-autoinvite.herokuapp.com/)
---

# ReproHack en [LatinR 2020](https://latin-r.com/blog/reprohack)

[Lista de reproducción con 6 charlas sobre reproducibilidad en español](https://www.youtube.com/playlist?list=PL9-E3cL2KgKliN3DFBWfUAUNXco_NOAMQ)

<div class="shareagain" style="min-width:300px;margin:1em auto;">
<iframe src="https://flor14.github.io/latinr-reprohack/index.html#1" width="1600" height="900" style="border:2px solid currentColor;" loading="lazy" allowfullscreen></iframe>
<script>fitvids('.shareagain', {players: 'iframe'});</script>
</div>

---

---

### Recursos para consultar 📚💻

.bg-washed-green.b--dark-green.ba.bw2.br3.shadow-5.ph4.mt5[
* [Canal de YouTube de R-Ladies](https://www.youtube.com/channel/UCDgj5-mFohWZ5irWSFMFcng)

* [R4DS en español - G. Grolemund y H. Wickham ](https://es.r4ds.hadley.nz/)

* [R Markdown: The Definitive Guide - Y. Xie, J. J. Allaire, G. Grolemund](https://bookdown.org/yihui/rmarkdown/)

* [Happy Git With R - J. Bryan, the STAT 545 TAs, J. Hester](https://happygitwithr.com/)

* [Mastering Shiny - H. Wickham](https://mastering-shiny.org/)

* [Become and R package developer! - M. Salmon](hhttps://new-r-dev.netlify.app/)

* [Interactive web-based data visualization with R, plotly, and shiny - C. Sievert](https://plotly-r.com/)
]

---

## Referencias

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.bg-washed-green.b--dark-green.ba.bw2.br3.shadow-5.ph4.mt5[
* Katz DS, Niemeyer KE, Smith AM, Anderson WL, Boettiger C, Hinsen K, Hooft R, Hucka M, Lee A, Löffler F, Pollard T, Rios F. 2016. [Software vs. data in the context of citation. PeerJ Preprints 4]( https://doi.org/10.7287/peerj.preprints.2630v1)

* Lamprecht, A. L., Garcia, L., Kuzak, M., Martinez, C., Arcila, R., Martin Del Pico, E., ... & McQuilton, P. (2020). Towards FAIR principles for research software. Data Science, 3(1), 37-59.

* [Library Carpentry: FAIR Data and Software](https://librarycarpentry.org/lc-fair-research/)

* Mancini, M., Karakuzu, A., Cohen-Adad, J., Cercignani, M., Nichols, T. E., & Stikov, N. (2020). [An interactive meta-analysis of MRI biomarkers of myelin.](https://elifesciences.org/articles/61523) Elife, 9, e61523.

]

---

.bg-washed-green.b--dark-green.ba.bw2.br3.shadow-5.ph4.mt5[

* Marwick, B., Boettiger, C., & Mullen, L. (2018). [Packaging data analytical work reproducibly using R (and friends). The American Statistician 72(1), 80-88.](https://doi.org/10.1080/00031305.2017.1375986)

* [OECD (2015), “Making Open Science a Reality”](https://www.fct.pt/dsi/docs/Making_Open_Science_a_Reality.pdf), OECD Science, Technology and Industry Policy Papers, No. 25,
OECD Publishing, Paris. http://dx.doi.org/10.1787/5jrs2f963zs1-en

* The Turing Way Community, Becky Arnold, Louise Bowler, Sarah Gibson, Patricia Herterich, Rosie Higman, … Kirstie Whitaker. (2019, March 25). [The Turing Way: A Handbook for Reproducible Data Science (Version v0.0.4). Zenodo. http://doi.org/10.5281/zenodo.3233986](https://the-turing-way.netlify.app/)

* Peng RD (2011), [Reproducible Research in Computational Science. Science 334(6060): 1226–1227](doi:10.1126/science.1213847)
]

---
background-image: url(imagenes/jujuy-colores.jpg)
background-size: cover

.bg-washed-green.b--dark-green.ba.bw2.br3.shadow-5.ph4.mt5[

* Stodden, V. (2014). [Online; accessed 27. May 2020]. URL: https://www.edge.org/response-detail/25340.

* Wilkinson, M., Dumontier, M., Aalbersberg, I. et al. The FAIR Guiding Principles for scientific data management and stewardship. Sci Data 3, 160018 (2016). https://doi.org/10.1038/sdata.2016.18

* [Webpage Principios FAIR](https://www.go-fair.org/fair-principles/)

* Wickham, H. (2015). [R packages: organize, test, document, and share your code."](https://r-pkgs.org/index.html) O'Reilly Media, Inc."
]
---
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.bg-washed-green.b--dark-green.ba.bw2.br3.shadow-5.ph4.mt5[
#### Herramientas en R / Charlas

* [Writing articles and reproducible documents R - Anna Quaglieri](https://rpubs.com/annaquagli/471405)

* [Reproducible Environments - RStudio](https://environments.rstudio.com/)

* [renv: Project Environments with R - RStudio blog](https://blog.rstudio.com/2019/11/06/renv-project-environments-for-r/)

* [Putting the R into Reproducible Research - Anna Krystalli](https://annakrystalli.me/talks/r-in-repro-research.html#1)

* [Improve your workflow for reproducible science - Mine Çetinkaya-Rundel](https://mine-cetinkaya-rundel.github.io/improve-repro-workflow-reproducibilitea-2020/slides/improve-repro-workflow-reproducibilitea-2020.pdf) ]

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background-image: url(imagenes/jujuy-colores.jpg)
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.bg-washed-green.b--dark-green.ba.bw2.br3.shadow-5.ph4.mt5[

#### Ilustraciones

* The Turing Way Community, & Scriberia. (2020, March 3). Illustrations from the Turing Way book dashes. Zenodo. http://doi.org/10.5281/zenodo.3695300

]

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class: center, middle

## ¿Preguntas?

.pull-left[
#### Dra. Florencia D'Andrea 
**Investigadora postdoctoral**<br> 
**Instructora certificada RStudio**<br>
**Instructora The Carpentries**<br>
**ReproHack core-team**<br>
**R-Ladies global team**<br>

<i class="fab  fa-github "></i> [@flor14]("http://github.com/flor14") <br>
<i class="fab  fa-twitter "></i> [@cantoflor_87]("http://twitter.com/cantoflor_87")<br>
<i class="fas  fa-link "></i> [florencia.netlify.app/es-es/]("https://florencia.netlify.app/es-es/")
]

.pull-right[ 
<img src="https://res.cloudinary.com/flor/image/upload/v1608466115/template_primary_wahkz0.jpg" width="250" />
]

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background-image: url(imagenes/jujuy-colores.jpg)
background-size: cover
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.bg-washed-green.b--dark-green.ba.bw2.br3.shadow-5.ph4.mt5[
## ¡Muchas gracias por su atención!

Filminas disponibles [bit.ly/rladiesjujuy-primerevento](https://flor14.github.io/rladies-jujuy/presentacion.html?panelset=licencia#1) ]

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```r
sessionInfo()
```

```
## R version 4.0.3 (2020-10-10)
## Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)
## Running under: Windows 10 x64 (build 19041)
## 
## Matrix products: default
## 
## locale:
## [1] LC_COLLATE=Spanish_Argentina.1252  LC_CTYPE=Spanish_Argentina.1252   
## [3] LC_MONETARY=Spanish_Argentina.1252 LC_NUMERIC=C                      
## [5] LC_TIME=Spanish_Argentina.1252    
## 
## attached base packages:
## [1] stats     graphics  grDevices datasets  utils     methods   base     
## 
## other attached packages:
##  [1] metathis_1.0.3       countdown_0.3.5      nomnoml_0.2.0       
##  [4] icon_0.1.0           knitr_1.30           forcats_0.5.0       
##  [7] stringr_1.4.0        dplyr_1.0.2          purrr_0.3.4         
## [10] readr_1.4.0          tidyr_1.1.2          tibble_3.0.4        
## [13] ggplot2_3.3.2        tidyverse_1.3.0      xaringanExtra_0.2.4 
## [16] xaringanthemer_0.3.0
## 
## loaded via a namespace (and not attached):
##  [1] Rcpp_1.0.5        lubridate_1.7.9   png_0.1-7         ps_1.4.0         
##  [5] sysfonts_0.8.2    assertthat_0.2.1  digest_0.6.27     R6_2.5.0         
##  [9] cellranger_1.1.0  backports_1.2.0   reprex_0.3.0      evaluate_0.14    
## [13] highr_0.8         httr_1.4.2        xaringan_0.18     pillar_1.4.6     
## [17] rlang_0.4.8       readxl_1.3.1      rstudioapi_0.11   callr_3.5.1      
## [21] whisker_0.4       blob_1.2.1        rmarkdown_2.5     htmlwidgets_1.5.2
## [25] munsell_0.5.0     broom_0.7.2       compiler_4.0.3    modelr_0.1.8     
## [29] xfun_0.19         pkgconfig_2.0.3   htmltools_0.5.0   tidyselect_1.1.0 
## [33] fansi_0.4.1       crayon_1.3.4      showtextdb_3.0    dbplyr_1.4.4     
## [37] withr_2.3.0       grid_4.0.3        jsonlite_1.7.1    gtable_0.3.0     
## [41] lifecycle_0.2.0   DBI_1.1.0         magrittr_1.5      scales_1.1.1     
## [45] cli_2.1.0         stringi_1.5.3     renv_0.12.2       fs_1.5.0         
## [49] xml2_1.3.2        ellipsis_0.3.1    generics_0.0.2    vctrs_0.3.4      
## [53] tools_4.0.3       showtext_0.9-1    glue_1.4.2        hms_0.5.3        
## [57] processx_3.4.4    yaml_2.2.1        colorspace_1.4-1  rvest_0.3.6      
## [61] haven_2.3.1
```